Hier ist ein gutes Video zum Thema Cisco Integration mit Microsoft Lync zu sehen.
http://www.youtube.com/watch?v=GWjGvrfAUWI
Man kann hier gut sehen, dass hier nur die Features von Cisco verwendet werden und der Lync Client nur noch für Instant Messaging verwendet werden soll. Auch für Konferenzen werden die Cisco Services wie WebEx genutzt. D. h. es müssen zusätzlich die entsprechenden Rollen von Cisco installiert werden. Hier muss natürlich jede Firma für sich entscheiden Cisco und Lync zu nutzen oder gleich nur noch Lync einzusetzten und damit auch Voice über Lync zu nutzen.
Aus meiner Sicht und Erfahrung spricht aber nichts dagegen nur noch Lync einzusetzen.
Es ist sogar in den Installationsanweisungen von Cisco beschrieben, dass Voice und Video in Lync deaktiviert werden sollen.
http://www.cisco.com/en/US/docs/voice_ip_comm/cucimoc/7_1/english/integrat/guide/config_clients.html